Op 26 Mei 1948 het D.F. Malan se Nasionale Party, in bondgenootskap met N.C. Havenga se Afrikanerparty, onverwags die verkiesing gewen. Onmiddelik na die verkiesing het Malan gese: “Vandag behoort Suid-Afrika weer aan ons. Suid-Afrika is ons eie vir die eerste keer sedert die Unie van Suid-Afrika. Mag God gee dat dit altyd ons eie bly.” (Giliomee 2004:437)
Die stryd in Suid-Afrika was nie net oor wit beheer oor swart mense nie, maar oor watter van die twee wit gemeenskappe die land regeer en die meeste morele gesag het. (Giliomee 2004:438)
Die mense (Afrikaners) was besig om ‘n tipiese middelstand te word wie se lewenswyse, opvattings en waardes al hoe minder van die van Engelssprekendes verskil het. Die uitsondering was godsdiens en kerkbywoning, waarop die Afrikaners veel meer prys gestel het. (Giliomee 2004:442)
In 1954 het J.G. Strijdom, die Transvaalse NP-leier, D.F. Malan as hoofleier en eerste minister opgevolg. Sy sterkste luitenant was Hendrik Verwoerd. Strijdom het in 1958 gesterf as ‘n held in die oe van koerantjoernalis van Die Burger Piet Cillie.
Dieselfde Piet Cillie het later in 1961 in ‘n private brief aan Phil Weber sy hart uitgestort oor die skade wat Verwoerd aangerig het. “U kan in die briewe sien watter hotnot-haat, dominee-haat, professor-haat en Burger-haat hy losgelaat het. Hy het die Neanderthaler in ons mense opgeroep teen alles wat intelligent en soekend is, volgens die klassieke resep van die tiran wat sy mag volstrek maak deur die gepeupel te lei teen hul erkende leiers op alle lewensgebiede.” (Giliomee 2004:477)
Terwyl die stryd oor die kleurlinge nog aan die gang was, het ‘n volgende botsing tussen Verwoerd en die hervormingsgesinde “intellektuele” uitgebreek. Die strydperk was die Afrikaanse kerke. As die NG Kerk Verwoerd sou repudieer, sou hy in ‘n moeilike posisie wees. Sake is op die spits gedryf by ‘n ekumeniese konferensie wat deur die Wereldraad van Kerke gereel en in Desember 1960 in Cottesloe, Johannesburg, gehou is. Die Kaapse NG Kerk, die Transvaalse NG Kerk en die Hervormde Kerk, wat al drie by die raad geaffilieer was, het studiegroepe bestaande uit senior teologiese professore en predikante aangewys om hul standpunte uiteen te sit.
Die verstandhouding was dat die afvaardigings die bevindinge eers aan hul onderskeie sinodes moes rapporteer, maar die afvaardiging van die Hervormde Kerk het hom onmiddelik van die verklaring gedistansieer. Dit het die NG afvaardiging genoop om te verklaar dat ‘n beleid van “differensiasie” die beste oplossing en ook versoenbaar met die besluite is.
Die NP-politici verlang dat die kerk sy neus uit die politiek moet hou, maar die NG Kerke staan “deur hul massiewe sendingsaksie aldag en heeldag kniediep in rasseverhoudinge in ‘n baie meer praktiese sin as ‘n politieke party wat hoofsaaklik te doen het met die blanke Afrikaner”. Die politici mag voel dat die kerke die Afrikanernasionaliste in die steek gelaat het. “Maar,” het “Dawie” gevra: “is die NG Kerke ons kerke? Is hulle die Nasionaliste se kerke? Is hulle selfs die Afrikaner se kerke? Of is hulle God se kerke? Moet kerkleiers die wil van die Afrikaners vertolk, soos van ‘n politieke party van Afrikaners verwag word, of moet hulle aan die Afrikaners die Opperste wil probeer vertolk so suiwer as wat hulle kan?” (Giliomee 2004:478)
In sy Nuwejaarsboodskap vir 1961 het Verwoerd die twee NG Kerke met soveel woorde gevra om hulle van hul Cottesloe-afvaardiging te distansieer. Hy het verwys na “individuele kerkmanne” se “persoonlike verklarings” en gese: “Die kerke het inderdaad nog glad nie gepraat nie.” Dit sal deur hul onderskeie sinodes gedoen word.
Die Broederbond het agter Verwoerd aan in die stryd gestorm.
In Februarie 1961 het die UR in Kaapstad byeengekom. H.B. Thom, rektor van die Universiteit van Stellenbosch en op daardie tydstip een van die min openlike Verwoerd-ondersteuners op die kampus, het gevra dat verskille “in die binnekamer” uit die weg geruim moet word en dat daar ‘n brug tussen kerk, regering en AB-lede gebou moet word. Die UR het besluit dat sy lede individueel met AB-lede wat by Cottesloe was in gesprek moet tree en hulle in die lig van die “werklike feite” tot ander insigte moet bring.
NG Kerk-liggame, van kerkrade tot sinodes, het Cottesloe nou veroordeel. Die Transvaalse NG-sinode het in April 1961 die besluit verwerp. In Oktober 1961 het die Kaapse NG sinode ‘n vroeere besluit van die Federale Raad van NG Kerke beaam om nie die Cottesloe-bevindinge te onderskryf nie, omdat hulle “die beleid van afsonderlike ontwikkeling ondermyn en aantas” en integrasie voorstaan. Albei sinodes het besluit om uit die Wereldraad van Kerke te tree. Behalwe ‘n besluit in 1963 dat trekarbeid “’n kanker” is wat die swart gesinslewe skaad, het al die Afrikaanse kerke hulle tot 1986 van kritiek op apartheid weerhou.
In die Transvaalse sinode het Beyers Naude, ‘n goue seun van die kerk, hom alleen bereid verklaar om sy steun vir die Cottesloe-besluit terug te trek as hulle met die Bybel in stryd is.
In hierdie tyd het die Broederbond in ‘n omsendbrief geskryf: “Ware geluk word slegs gesmaak deur jou onvoorwaardelik met alle kragte te wy aan ‘n taak veel groter as jyself: so ‘n saak is ons volkstryd om voortbestaan ter wille van die vervulling van ‘n Godsgewe volksroeping.” Hierop het Willie Jonker en ‘n paar ander predikante wat die invloed van die bond op die openbare lewe, en veral die kerk, met groot kommer gadegeslaan het, in die openbaar gevra: “Hoe kan ‘n Christen aan ‘n beweging behoort wat onvoorwaardelike toewyding vra vir ‘n saak wat nie Gods Koninkryk is nie?”
Die NG Kerk se roemlose ineenstorting na Cottesloe was sy grootste teleurstelling. (Giliomee 2004:479-481)